Villemer est un des plus anciens sites habités de Moret Seine & Loing. Les vestiges archéologiques attestent d'une présence continue de l'homme du néolithique, à l'âge de bronze, à la période gallo-romaine puis mérovingienne.

Les nombreux hameaux qui composent la commune sont fédérés au IXe siècle grâce aux moines de Saint-Germain des Prés qui fondent la « Villa Marchais » qui donnera quelques siècles plus tard le nom de Villemer. Eglise et Grange aux Dîmes viendront compléter l'urbanisation de la commune au fil des siècles.

Aujourd'hui avec quelque 700 habitants, Villemer a su préserver son passé et conserver son âme rurale au cœur du bocage du Gâtinais. Côté tourisme, la randonnée, qu'elle soit pédestre ou cycliste a fait l'objet d'une attention toute particulière. Chemins et routes pittoresques traversent la commune et mènent à différents points de vue sur la campagne environnante, les vallées de l'Orvanne et du Lunain et l'étang de Villeron. Cet étang sauvage recueille l'eau des nombreuses sources de la région. De là part un aqueduc qui rejoint celui de la Vanne, beaucoup plus imposant, qui alimente les réservoirs de Montsouris à Paris.

Rappelons enfin la mémoire de la célèbre dessinatrice Germaine Bourret qui habita de longues années ans la commune. Celle qui fut qualifiée par Walt Disney de « meilleure dessinatrice du monde » a désormais une rue qui porte son nom, à quelques mètres de la maison qu'elle habitait.